Ургамлын лейцин баялаг давталт агуулсан уургийн 310-хеликс – β- эргэлтээс бүрдэх супер хоёрдогч бүтэц ба домеин бүтцийн тодорхойлолт

Abstract

Эукариот, бактери, архей болон вирусээс тодорхойлсон 430,000 гаруй уураг Лейцин
Баялаг Давталт (ЛБД) агуулж байгаа нь тогтоогдоод байна. ЛБД-ууд нь 20-30 амин
хүчлийн урттай бөгөөд зэрэгцсэн дараалалд тохиолддог. ЛБД агуулсан уураг нь тах,
супер хеликс, эсвэл призм хэлбэрийн бүтэцтэй байх ба дотоод хүнхэр гадаргуудаа
параллель β-утаслаг, гадаад гүдгэр гадаргуудаа ихэвчлэн хеликс бүтэц агуулна.
Тухайн нэг ЛБД нь LxxLxLxxNxL консенсус дараалалтай сайн хадгалагдсан хэсэг
(СХХ) болон хувьсах хэсэг (ХХ)-ээс бүрдэнэ. ЛБД-ын найман анги байна. Ургамлын
ЛБД-ын хувьсах хэсэг нь 310-хеликс болон β-эргэлтээр тодорхойлогдох ба консенсус
дараалал нь 13 амин хүчлийн урттай (xGxLPxxLxxLxx) байна. Ургамлын дархлааны
системийн болон сигнал дамжуулах уургуудад ЛБД агуулагддаг. Ургамлын ЛБД
агуулсан уургийн бүтцийн онцлогийг ойлгохын тулд бид DSSP-PPII, XTLSSTR ба
STRIDE гэсэн гурван программ ашиглан хоёрдогч бүтцийн оноолт хийсэн. Уургийн
3D бүтэц дэх альфа-нүүрстөрөгч (Cα) атомын координатыг ашиглан HELFIT
программаар хеликсийн (алхам Р, радиус r, нэг эргэлтэд оногдох амин хүчлийн тоо n,
эргэлтийн чиглэл, тэнхлэгийн нэгж вектор) параметрүүдийг тодорхойлсон. ЛБД-ын
хувьсах хэсэг нь N-терминал талдаа 5-аас 7 амин хүчлийн урттай баруун эргэлттэй
310-хеликс, C-терминал талдаа I төрлийн бета-эргэлтээс бүрдэж байна. Иймд
ургамалын ЛБД-ын хувьсах хэсэг нь 310-хеликс болон β-эргэлт агуулсан супер
хоёрдогч бүтцээр тодорхойлогдож байна. HELFIT-ийн үр дүнгээс харвал I төрлийн β-
эргэлт нь баруун (+1) эргэлттэй хеликс байна. HELFIT программаар 310-хеликс (G), β-
эргэлт (B), ЛБД домеин (A) тус бүрийн хеликс тэнхлэгийн нэгж векторыг
тодорхойлсон. Эдгээр гурван нэгж вектороор тодорхойлогдох Ω1, Ω2, ба Ω3 бүтцийн
параметр супер хоёрдогч бүтэц болон ЛБД домеины бүтцийн онцлогийг тодорхойлж
байна.